Visualize a 3D biology model

3D模型插件

长久以来，生物学的三维模型通常都是通过Java插件来显示，这个比Adobe Flash还要古老的Applet简直是古董级的东西，直到近期才开始使用原生技术。

3Dmol.js

这是一个基于WebGL的Javascript库，支持pdb, sdf, mol2, xyz, 和cube这些完全不认识的格式。没错，生物界可真的是封闭的很，每个人都喜欢提出一个新的格式，虽然很多都是基于XML的存在。

Nicholas Rego and David Koes 3Dmol.js: molecular visualization with WebGL Bioinformatics (2015) 31 (8): 1322-1324 doi:10.1093/bioinformatics/btu829

HOWTO

和大部分javascript库一样，只需要一个canvas，然后就可以在上面显示一些模型了，使用非常简单:

1	<div id="container-model" class="mol-container"></div>

然后初始化:

var element = $("#container-model")
var config = { defaultcolors: $3Dmol.rasmolElementColors, 
		backgroundColor: 'white' };
$3Dmol.createViewer( element, config );

最后加载一个模型：

v.addModel( data, pdb_link );
v.setStyle({}, {cartoon: {color: 'spectrum'}});
v.zoomTo();v.render();                                                 
v.zoom(1.2, 1000);

然后就可以了。

结果:

3D模型插件

3Dmol.js

HOWTO

Interactive: